根据国务院对苏州工业园区开发建设有关问题的批复精神，苏州工业园区海关(筹)于1995年4月28日进驻园区，边筹建边为园区规划面积70平方公里及周边4个乡镇183平方公里范围内的企业开办海关业务。经过4年的艰苦创业，园区海关于1999年5月12日正式开关（副厅），内设办公室、人教处、监管处、加工贸易监管处、调查处、驻出口加工区办事处6个职能部门。其主要职责是对进出境的运输工具、货物、物品实行监管，征收关税和其他税费，查缉走私，编制海关统计和办理其他海关业务。