国家审计署对新型农村合作医疗的首次审计发现有2700多万基金被挪用。
2010年是新农合制度确立在全国基本覆盖农村居民的目标年，审计署对辽宁、黑龙江、江苏、安徽、福建、河南、湖北、湖南、四川等9个省所辖的45个县（市、区）2009年1月至2010年5月新农合基金进行了审计调查。
新农合基金被挪作养老金
审计调查未发现大的违纪违规问题，但少数县和基层卫生院在具体执行政策、基金管理使用中还存在一些问题。审计发现，全椒县、大洼县、西丰县、凤城市、岳池县共5个县的政府有关部门挪用新农合基金2738.18万，用于发放企业职工基本养老保险金等。舒城县、霞浦县、龙海市、建阳市、福鼎市、汨罗市共6个县的新农合经办机构虚报参合人数4925人套取财政补助资金37.30万。
截至2011年1月10日，全椒县、大洼县、西丰县、凤城市、岳池县共5个县归还新农合基金2680.1万元；湖南省汨罗市对虚报参合人数套取财政补助资金的1名卫生院院长给予警告处分，其他正在整改中。
部分地区擅自提高补偿
此外，审计还发现了擅自提高扩大补偿范围和提高补偿标准的问题，彰武县、固始县、肥东县、庐江县、巢湖市居巢区、兴化市、闽侯县、霞浦县、龙海市、福鼎市、汨罗市、龙山县、武汉市东西湖区、岳池县共14个县的新农合经办机构审核把关不严，擅自扩大补偿范围和提高补偿标准，向8118人多支付新农合补偿资金487.80万元。截至2011年1月10日，闽侯县、霞浦县、龙海市、福鼎市、肥东县、庐江县、巢湖市居巢区、武汉市东西湖区共8个县已收回违规向114人发放的新农合资金15.9万元，其他正在整改中。
乡镇卫生院为患者办虚假住院手续并报销以获取住院费用情况较多，审计署调查的97个乡镇卫生院中，有47个存在问题，有4个乡镇卫生院利用假病历等获取新农合补偿56.78万。
